Сравнительно-описательная морфология тунгусо-маньчжурских языков, лексикография эвенкийского языка и его диалектов.
Б.В. Болдырев после окончания НГУ поступает в аспирантуру Института истории, филологии и философии СО АН. Его научным руководителем стал ученый с мировым именем, один из ведущих специалистов по тунгусо-маньчжурским языкам чл.- корр. АН СССР Валентин Александрович Аврорин. В 1970 году Б. Болдырев заканчивает аспирантуру и защищает кандидатскую диссертацию по теме «Категория косвенной принадлежности в тунгусо-маньчжурских языках», материалы для которой собирал сам в экспедициях по Дальнему Востоку и Сахалину, после чего становится младшим научным сотрудником Отдела филологии ИИФиФ СО АН, с которым и будет связана вся его дальнейшая научная деятельность. В 1978 году он станет старшим научным сотрудником, в 1989 – возглавит Сектор лексикографии, который с созданием в 90-е годы Института филологии СО РАН станет Сектором тунгусо-маньчжуроведения. В Секторе тунгусо-маньчжуроведения Борис Васильевич соберет немногочисленных сибирских специалистов-тунгусоманьчжуроведов.
Он написал более сотни научных работ, среди которых такие фундаментальные исследования, как монографии «Категория косвенной принадлежности в тунгусо-маньчжурских языках», «Словообразование имен существительных в тунгусо-маньчжурских языках», «Грамматика орочского языка» (в соавторстве с В.А. Аврориным), «Грамматика эвенкийского языка», двухтомный «Эвенкийско-русский словарь», «Русско-эвенкийский словарь», «Эвенкийско-русский и русско-эвенкийский словарь», серия диалектных словарей эвенкийского языка: «Словарь джелтулакского говора эвенков Амурской области» (в 2-х тт.), «Словарь зейского говора Амурской области», «Словарь селемджинского говора эвенков Амурской области (в 2-х тт.) и др.
Существенной вехой в разработке теоретических вопросов грамматики стало исследование Б.В. Болдырева «Части речи и грамматические категории эвенкийского языка в сравнительном освещении», за которое автору в 2004 году была присуждена степень доктора филологических наук.